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我国科学家成功绘制“野生稻-栽培稻泛基因组图谱”

  记者从中国科学院分子植物科学卓越创新中心获悉,中心韩斌院士团队完成145份亚洲栽培稻及其普通野生稻的高精度基因组组装,成功绘制了迄今为止分辨率最高的“野生稻-栽培稻泛基因组图谱”。

  野生稻-栽培稻泛基因组图谱。(中国科学院分子植物科学卓越创新中心供图)

  4月16日,国际权威学术期刊《自然》(Nature)在线发表了相关研究论文。这是韩斌院士团队继2012年全面解析水稻驯化路线、2018年构建首个栽培稻-野生稻泛基因组草图之后,在水稻基因组研究和进化领域取得的又一项重大突破,对未来保障粮食安全具有重要意义。

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  韩斌介绍,亚洲栽培稻是全球数十亿人的主粮,其驯化历史可追溯至一万年前的普通野生稻。如何将野生稻历经万年锤炼的“生存智慧”注入现代品种,培育出兼具高产潜力与抗病抗逆特性的“超级水稻”,是破解粮食安全困局的重大课题。急需构建一个高质量、大规模的野生稻泛基因组,深度解析其广泛的多样性,全面挖掘其耐逆、抗病等优良性状的遗传变异宝库。

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  研究团队整合了具有代表性的129份普通野生稻和16份亚洲栽培稻资源,进行高质量的基因组测序和从头组装,构建了一个可以覆盖野生稻和栽培稻全面遗传景观的泛基因组图谱。

  与原有公认的单个参考基因组相比,“栽培稻-野生稻泛基因组”新增了38.7亿个碱基对,共包含69531个基因,其中近20%为野生稻特有,这些基因被证实与抗病防御、环境适应性等性状密切相关。

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  深入研究发现,野生稻中的抗病基因丰度和多样性均明显高于栽培稻,进一步证实了野生稻堪称作物改良的“战略资源库”,可为培育抗病耐逆的水稻品种提供直接的基因来源;研究证明所有亚洲栽培稻的驯化位点均来源于粳稻祖先Or-Ⅲa,进一步证实亚洲栽培稻单起源假说,为持续数十年的学术争议提供了关键证据。

  研究还发现在南亚各栽培稻类群之间存在广泛的基因交流,并由此定义了一个新的栽培稻亚群,成功绘制了一幅更全面的水稻进化和驯化路线图。(记者 张建松)

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